1853年3月8日，太平军陆师（先锋）从武汉沿江东下艰苦行军1800多里后，终于先期抵达南京城下。

3月9日，北王韦昌辉、翼王石达开亲率攻克武汉的首功之臣林凤祥、李开芳、吉文元等骁将，在金陵城南西善桥一带扎下24座营盘，旋即挥军攻城。太平军还在南门外的报恩寺高耸的古塔上架设大炮，以猛烈的炮火轰击在城头上拼命阻抗的清军。

南京是六朝古都，也是清廷在长江下游的统治中心，在城中驻有重兵，而且经历代尤其是明朝苦心经营，城池规模宏大，城墙高耸坚固，防御设施齐备，堪称虎踞龙盘、固若金汤，远非武昌可比，据说仅城门就有13座。

南京城里级别最高的官员是清两江总督陆建瀛，但此公不谙军事，且无谋无勇，只知道虚报军情，粉饰太平，欺上瞒下，以保住头上的顶戴花翎为首要任务。彼时，城中驻军大多被抽调到湖北武昌一带，陆建瀛督军无方，在湖北屡次败于太平军之手，退守南京后，惊魂未定的他即深居简出，既不处理繁杂政事，也不与部下商量加固城垣、敛兵据守的防御工作。

此刻，南京驻军大多在湖北前线溃散，城内留守兵力薄弱，守军仅两万左右，其中一半是临时招募的四乡练勇或丁壮，素称精锐的八旗将士不过5000余人。八旗兵的统帅叫祥厚，满洲镶红旗人。时任江宁将军。太平军自武昌大举东下进迫南京时，他被清廷任命为钦差大臣兼署两江总督，协助陆建瀛守城。

陆建瀛率军在武昌作战时被太平军吓破了胆，回来后天天在家焚香求菩萨保佑，不理政事，祥厚责无旁贷地担起了守城重任，率全城文武精血护城。祥厚率守军数次击退太平军先锋的进攻，城下遗尸累累。

3月12日，太平军水师也驶抵南京下关码头。南京附近的长江江面全部被太平军水师战船控制，两岸也被炮船火力封锁。史载，太平军水陆师会合后，数十万（号称50万）大军将城池团团包围，从南京城到江东门，数十里路 ，到处都是头裹红巾、全副武装的太平军士兵。守城清军望着城外密密麻麻的“红潮”，看到太平军刀枪林立，人喊马嘶，大炮列阵，无不胆战心惊。

太平军主力见先头部队攻城受挫，损兵折将，考虑到南京城城墙坚固，强攻不易，决定改为智取。官封天官副丞相的虎将林凤祥与北王、翼王商量后，派出一支精兵，穿上缴获的清军号衣，装扮成提督向荣部兵的模样乘夜黑来到城下，呼唤城头守军开门。陆建瀛、祥厚闻报十分高兴，以为援军开至，南京可以得救。正要下令开城时，有人隐约看到城下援军脑后无辫，缠头内似乎裹着长发（太平军不留辫，蓄长发，清朝蔑称其 “长毛”、“发匪”），惊觉不妙，急忙提醒陆建瀛 ，说此乃“长毛贼”假冒向荣部兵以赚开城门的诡谋。陆建瀛恍然大悟，下令守军开炮轰击。太平军丢下十九具尸体，无功而返。

北王、翼王和前锋主将林凤祥见智取不成，决定武力强攻。这时的太平军早已今非昔比，在郴州、道州一带有大批矿工加入， 在此基础上组建了土营（工程兵），专干穴地攻城的事。林凤祥命土营将士在仪凤门外静海寺内挖掘地道，白天休息，夜晚施工。为了转移清军守兵的注意力，林凤祥采取疑兵（声东击西）之计 ，分兵聚集在水西门外，装出即将发起猛攻的阵势，守军果然将主力全部集中在水西门上。

正当清军将全部注意力转向水西门时，3月19日凌晨，太平军土营挖掘的地道已经深入到仪凤门城墙下方，旋即安放炸药，点燃引信，一声惊天巨响，地穴中的炸药被引爆，炸塌了一段城墙，缺口长约两丈多。城上守军大吃一惊，知道中计了，被引诱到水西门的清军紧急驰援凤仪门，但为时已晚。悍将林凤祥作战一向勇猛，他率领敢死队冒死突进豁口，冒着刺鼻的硝烟奋不顾身登上城墙，与守军短兵相接，展开肉搏，混战中斩杀清军总兵程三光、沈鼐二将，其余守军见太平军凶悍无比，人挡杀人，佛挡杀佛，吓得一哄而散。

林凤祥率敢死队肃清城头守军后，攻入城内，旋即分为两路，一路向城中心的钟鼓楼冲去，一路向鸡笼山方向扫荡而去。林凤祥率军向钟鼓楼卷杀而去，途中遇到一顶官轿和一队护兵，原来是江督陆建瀛听说城破，急忙从将军署坐轿去两江总督府部署 抵抗事宜，还未到得省衙，即稀里糊涂成为太平军的刀下之鬼。

江督陆建瀛被杀死的凶信迅速传遍全城。本已惊慌失措、士气低落的守军顿时土崩瓦解，各自逃命去了。太平军主力见突击队得手，立即从各个城门外蜂拥攻城。枪炮轰鸣声、呐喊厮杀声、军号呜咽声、伤者哭叫声汇成一片，震天摇地，响彻云霄，守军见大势已去，纷纷不战而逃。

然而，江宁将军、钦差大臣署理江督祥厚督率5000多八旗将士及眷属数万人据守内城，他们浴血坚守，死战不退，亦或叫负隅顽抗。八旗兵剽悍善战且训练有素，远非乡兵、练勇可比， 他们用抬枪、鸟铳猛射，架炮猛轰，进攻内城的太平军伤亡很重，城墙内外尸积如山，血流漂杵，最后太平军杀红了眼，他们用同袍的尸体 垒成“人” 梯，前仆后继，不顾死伤轮番冲击， 经两昼夜浴血苦战，付出了巨大的代价方才把内城攻陷。

太平军痛恨旗人，尤其是抵死不降、 顽梗凶悍的八旗兵，入内城后即大开杀戒，遇旗人装束者格杀勿论，江宁将军祥厚率部与太平军巷战，中炮身死 ，都统霍隆武、提督福珠洪阿、福山等30多个将领及麾下数千八旗官兵全部战死或被擒杀， 无一幸免。城中数万旗人亦所剩无几。

经过这场残酷血战，南京城内火光冲天，硝烟弥漫，街上残垣断壁，尸骸狼藉，血水横流，不仅八旗兵及其随军眷属被斩尽杀绝，部分商民亦遭杀戮、抢掠，昔日繁华的六朝古都顿成人间地狱，境况惨不忍睹。 据记载，太平军攻南京共有10余万军民罹难 （还不包括太平军一方的之伤亡数字 ）。

攻克南京后，北王、翼王、东王先后入城。3月29日，天王洪秀全在十余万太平军将士及随军家属的簇拥、迎接下昂首进入南京城。太平天国运动进入了新篇章。